細(xì)胞培養(yǎng)支原體污染來源/檢測(cè)/預(yù)防/去除
一、細(xì)胞培養(yǎng)支原體污染來源及主要支原體種類
支原體(Mycoplasma)是一種大小介于細(xì)菌和病毒之間(0.1 - 0.6μm),沒有細(xì)胞壁、并獨(dú)立生活原核生物,形態(tài)呈高度多形性,呈圓形、絲狀或梨形。由于支原體直徑較小,進(jìn)行除菌過濾是,約1%的支原體可以直接穿過常規(guī)的0.22μm的微孔除菌濾膜,造成細(xì)胞的支原體污染。支原體污染的來源包括:(1)工作環(huán)境的污染,實(shí)驗(yàn)器材帶來的污染;(2)操作者本身的污染(一些支原體在人體是正常菌群);(3)已受污染的培養(yǎng)基、血清,或用來制備細(xì)胞的原始組織或器官的污染;(4)污染支原體的細(xì)胞造成的交叉污染。
目前,已發(fā)現(xiàn)的支原體品種有100多種,但根據(jù)國(guó)內(nèi)外相關(guān)研究發(fā)現(xiàn),大約有二十多種支原體能污染細(xì)胞,有的細(xì)胞株可以同時(shí)污染兩種以上的支原體。以下13種支原體污染在全部支原體污染中所占比例超過99%。(1)M. orale、(2)M.Arginini、(3)M.Hyorhinis、(4)A.Laidlawii、(5)M.Fermentans、(6)M. salivarium、(7)M.pirum、(8)M. hominis、(9)M. agalactiae、(10)M.bovis、(11)M. buccale、(12)M. arthritidis、(13)M. pulmonis。其中尤其是前四種:M.orale(口腔支原體)、M.arginini(精氨酸支原體)、M.hyorhinis(豬鼻支原體)和A.laidlawii(萊氏無(wú)膽甾原體)所占污染比例超過95%,前8種占比超過98%。
二、支原體污染對(duì)細(xì)胞培養(yǎng)的危害
1、支原體污染的普遍性
支原體污染是細(xì)胞培養(yǎng)領(lǐng)域遇到的性問題,據(jù)文獻(xiàn)報(bào)道,綜合美國(guó)食品藥品監(jiān)督管理局(FDA)、美國(guó)模式菌種收集中心(ATCC)等機(jī)構(gòu)收到的相關(guān)數(shù)據(jù),世界各國(guó)細(xì)胞系支原體污染的平均比例為30-60%。該數(shù)據(jù)未統(tǒng)計(jì)中國(guó)大陸的數(shù)據(jù),但可以確定,大陸地區(qū)的支原體污染比例與此相當(dāng),或更嚴(yán)重。
表1.部分國(guó)家及機(jī)構(gòu)細(xì)胞系污染數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
Cell Line | USA-ATCC | USA-FDA | Germany-DSM | Argentina | Japan-IFO |
Rate | 14% | 15% | 15% | 65% | 80% |
2、支原體污染的危害
根據(jù)已發(fā)表的支原體污染研究文獻(xiàn),支原體污染細(xì)胞后,幾乎能影響每一個(gè)細(xì)胞參數(shù)。
(1)支原體污染可能導(dǎo)致細(xì)胞染色體的異常和損傷,改變細(xì)胞的代謝、生長(zhǎng)、形狀、附著。
(2)支原體影響被污染細(xì)胞的基因表達(dá)。相關(guān)研究表明,支原體污染的細(xì)胞系與對(duì)照組比較,有多達(dá)200個(gè)基因表達(dá)差異達(dá)2倍以上。
(3)導(dǎo)致MTT等細(xì)胞毒性實(shí)驗(yàn)結(jié)果嚴(yán)重錯(cuò)誤。支原體對(duì)MTT有額外還原作用。
(4)支原體污染能耗盡營(yíng)養(yǎng)物,促進(jìn)代謝積累,重度支原體污染導(dǎo)致pH改變。
(5)誘導(dǎo)或抑制細(xì)胞因子表達(dá),并改變培養(yǎng)細(xì)胞的代謝、增殖特征及形態(tài)。支原體污染可以直接影響L-arginine的代謝
(6)支原體污染可以誘導(dǎo)樹突狀細(xì)胞成熟,這對(duì)于開展人體免疫細(xì)胞的腫瘤治療的影響將是災(zāi)難性的。
3、支原體污染的隱蔽性
支原體大小約0.1 - 0.6微米,體積比病毒稍大,輕度到中度的支原體污染不會(huì)明顯改變細(xì)胞培養(yǎng)液的渾濁度和pH值,也不會(huì)導(dǎo)致細(xì)胞形態(tài)或生長(zhǎng)速度的明顯改變,所以科研人員很難及時(shí)發(fā)現(xiàn)體外培養(yǎng)的細(xì)胞已經(jīng)被支原體污染,進(jìn)而改變了基因表達(dá)譜,顯示虛假的實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)和實(shí)驗(yàn)結(jié)果。通常情況下,如果不排除支原體污染因素,很多實(shí)驗(yàn)結(jié)果往往缺乏說服力。2013年,*期刊《Nature》明確要求,在涉及細(xì)胞培養(yǎng)的科研工作中,必須進(jìn)行支原體檢測(cè),并排除其影響。
三、支原體污染檢測(cè)
1、支原體檢測(cè)方法概述
支原體污染嚴(yán)重干擾細(xì)胞實(shí)驗(yàn)結(jié)果,檢測(cè)有無(wú)支原體污染的方法較多,可以根據(jù)自身實(shí)驗(yàn)室條件、檢測(cè)方法便捷性等作出選擇。
①電子顯微鏡,相差顯微境觀察。用掃描電鏡或透射電鏡,直觀觀察支原體形態(tài)?;蛘咴诩?xì)胞培養(yǎng)瓶?jī)?nèi)預(yù)置蓋玻片,接種細(xì)胞在蓋玻片上,培養(yǎng)24小時(shí)后取出用油鏡觀察。如有支原體,因支原體與細(xì)胞在不同平面,可發(fā)現(xiàn)支原體呈現(xiàn)暗色顆粒裝。缺點(diǎn):設(shè)備要求嚴(yán)格,檢測(cè)成本高,不適合普通實(shí)驗(yàn)室日常常規(guī)檢測(cè)。
③DNA熒光染色法,利用支原體沒有細(xì)胞膜(壁)的特性,用熒光染料Hoechst 33258染色, Hoechst 33258能與支原體DNA結(jié)合著色,在熒光顯微鏡下觀察,呈現(xiàn)綠色小點(diǎn)。缺點(diǎn):靈敏度太低,當(dāng)檢測(cè)成陽(yáng)性時(shí),細(xì)胞經(jīng)常已經(jīng)嚴(yán)重污染。‚
④培養(yǎng)法,用支原體培養(yǎng)基大量增殖支原體,是相對(duì)可靠的支原體檢測(cè)技術(shù)。缺點(diǎn):耗時(shí)長(zhǎng),需要數(shù)周時(shí)間才能得到結(jié)果,不適合作為細(xì)胞培養(yǎng)液中支原體污染的快速檢測(cè)。此外,該方法不能檢測(cè)豬鼻支原體,因?yàn)樨i鼻支原體不能在固體培養(yǎng)基上形成可見的菌落,豬鼻支原體(M.Hyorhinis)約占所有支原體污染的20-50%。
⑤PCR法,提取細(xì)胞培養(yǎng)液,提取支原體,制備樣品,根據(jù)支原體高度保守的16SrRNA序列設(shè)計(jì)引物(避免真核細(xì)胞或細(xì)菌DNA干擾),設(shè)置陰性,陽(yáng)性對(duì)照,擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)電泳后成像觀察,可識(shí)別已發(fā)現(xiàn)的幾乎全部100余種支原體。
⑥Quick Cell快速檢測(cè)法,拓?fù)涿腑h(huán)化支原體DNA,在根據(jù)高保守區(qū)設(shè)計(jì)的引物引導(dǎo)下,采用特殊等溫DNA擴(kuò)增酶,61℃條件下,連續(xù)滾環(huán)式擴(kuò)增支原體DNA 60分鐘,根據(jù)有無(wú)支原體污染,隨著擴(kuò)增進(jìn)程可目視實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
⑦化學(xué)發(fā)光法,裂解支原體后,有底物情況下,支原體特異性的酶,能將ADP轉(zhuǎn)化成ATP。ATP參與熒光素酶(Luciferase)催化底物熒光素(Luciferin)產(chǎn)生光的過程,所以可以通過催化底物熒光素導(dǎo)致的生物發(fā)光(Bioluminescence)信號(hào)來判別支原體DNA存在與否。
綜上所述,在多種支原體檢測(cè)方法中,受實(shí)驗(yàn)條件、實(shí)驗(yàn)時(shí)長(zhǎng)、便捷性等因素限制,①-④僅在很少情況下得到應(yīng)用。實(shí)際科研工作中,應(yīng)用的是⑤ PCR支原體檢測(cè)法;⑥Quick Cell快速支原體檢測(cè)法;⑦化學(xué)發(fā)光支原體檢測(cè)法。
2、幾種zui常用支原體檢測(cè)方法比較
檢測(cè)方法 | Quick Cell快速檢測(cè)法 | 化學(xué)發(fā)光法 | PCR法 |
檢測(cè)原理 | 環(huán)化DNA等溫連續(xù)擴(kuò)增 | 支原體特異性酶檢測(cè) | 根據(jù)支原體DNA序列設(shè)計(jì)引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增 |
實(shí)驗(yàn)條件 | 恒溫水浴或PCR儀 | -80℃超低溫冰箱,多功能酶標(biāo)儀或發(fā)光檢測(cè)儀 | 常規(guī)PCR儀,電泳儀,成像系統(tǒng) |
靈敏度 | 比PCR法高1-2個(gè)數(shù)量級(jí) | 與PCR法相當(dāng) | 較靈敏 |
檢測(cè)時(shí)長(zhǎng) | 1小時(shí) | 25分鐘 | 2-3小時(shí) |
定性/定量 | 定性 | 定性,半定量 | 定性,半定量 |
污染 | 低 | 低 | 高 |
引物 | 零 | 零 | 高 |
樣品制備 | 直接取上清,不需制備 | 需要樣品制備 | 離心 |
檢出 | >99% | >99.9% | >80% |
綜合評(píng)價(jià) | 1)簡(jiǎn)便、快速,任何實(shí)驗(yàn)室均可操作;2)擴(kuò)增不受細(xì)胞代謝產(chǎn)物影響,高準(zhǔn)確率 | 1)快速,準(zhǔn)確;2)有特定設(shè)備要求,物流儲(chǔ)存條件高。 | 1)較高的檢出準(zhǔn)確率;2)PCR反應(yīng)易受培養(yǎng)基成分抑制,產(chǎn)生假陰性;3)需制備樣品。 |
代表性 | Quick Cell 快速支原體檢測(cè)(李記生物, CAT:C4056L1060) *本產(chǎn)品由細(xì)胞專家李記生物*研發(fā) | Quick Cell 支原體發(fā)光法檢測(cè)試劑盒(李記生物,CAT:C4056L1065) MycoAlert Plus Mycoplasma Detection Kit (Lonza, CAT: LT07-710) | Quick Cell 支原體PCR檢測(cè)試劑盒(李記生物,貨號(hào): C4056L1062) Lookout Mycoplasma Detection Kit.(Sigma貨號(hào):MP0035) |
3、支原體檢測(cè)策略及方法選擇
①單個(gè)方法獨(dú)立檢測(cè)支原體(正確檢出率80%-99.9%)
就單個(gè)檢測(cè)方法及原理而言,“化學(xué)發(fā)光法”擁有zui高的正確檢出率(99.9%),用時(shí)zui短,應(yīng)為方法??蛇x產(chǎn)品為L(zhǎng)onza公司的MycoAlert Plus Mycoplasma Detection Kit (CAT:C4056L1065,價(jià)格:約9800元/100次),或李記生物公司的“Quick Cell 支原體發(fā)光法檢測(cè)試劑盒(CAT:C4056L1065,價(jià)格:1250元/50次)”。
若受實(shí)驗(yàn)室條件所限沒有配備化學(xué)發(fā)光檢測(cè)儀,或多功能酶標(biāo)儀,建議選擇“Quick Cell快速檢測(cè)法”,該方法1小時(shí)出結(jié)果,避免了PCR法因細(xì)胞代謝產(chǎn)物抑制PCR反應(yīng)導(dǎo)致的假陰性出現(xiàn),正確檢出率大于99%,對(duì)設(shè)備幾乎無(wú)要求,可目測(cè)結(jié)果。產(chǎn)品可選李記生物公司的“Quick Cell支原體快速檢測(cè)試劑盒(CAT:C4056L1060,價(jià)格:1250元/50次)”。
②多原理支原體檢測(cè)策略
市場(chǎng)在售的所有支原體檢測(cè)試劑盒,目前沒有一種可以檢出全部可能的支原體污染,如果從事細(xì)胞治療、進(jìn)行干細(xì)胞培養(yǎng)、生產(chǎn)血清、胰酶、培養(yǎng)液工作的科研人員,強(qiáng)烈建議選擇兩種以上檢測(cè)方法,確保支原體正確檢出率達(dá)到100%,避免關(guān)鍵實(shí)驗(yàn)不必要的損失。
細(xì)胞培養(yǎng)支原體污染是個(gè)普遍性問題,污染來源很多,根據(jù)國(guó)外生物實(shí)驗(yàn)室的規(guī)范做法,實(shí)驗(yàn)室的支原體檢測(cè)要定期進(jìn)行,一般一個(gè)月做一次支原體檢測(cè),可以*時(shí)間確定支原體污染情況,顯著降低或避免支原體污染對(duì)細(xì)胞培養(yǎng)相關(guān)實(shí)驗(yàn)的影響。
四、支原體污染去除
1、支原體污染預(yù)防
根據(jù)可能的支原體污染來源,在體外細(xì)胞培養(yǎng)過程中,要嚴(yán)格控制環(huán)境污染;嚴(yán)格實(shí)驗(yàn)操作;細(xì)胞培養(yǎng)基和實(shí)驗(yàn)器材、耗材要保證無(wú)菌;在不影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果的前提下,可在細(xì)胞培養(yǎng)基中加入適量的特定抗生素;發(fā)現(xiàn)支原體污染后,要清除支原體,防微杜漸。
2、支原體污染的去除及預(yù)防
因?yàn)橹гw沒有細(xì)胞壁,一般用于細(xì)胞壁合成的抗生素對(duì)支原體沒有作用,如青霉素、萬(wàn)古霉素多粘菌素(polymycin)、利福平、磺胺藥物普遍沒什么效果。對(duì)支原體zui有抑制活性及常用于支原體去除的抗生素是四環(huán)素類、大環(huán)內(nèi)酯類及一些氟喹諾酮。在低濃度時(shí),這些抗生素不會(huì)產(chǎn)生耐藥性,且對(duì)哺乳動(dòng)物細(xì)胞的毒性較小。四環(huán)素和大環(huán)內(nèi)酯能結(jié)合30S和50S核糖體亞基,從而抑制支原體蛋白質(zhì)合成,喹諾酮抑制DNA旋轉(zhuǎn)酶。因此可以在細(xì)菌DNA復(fù)制及蛋白質(zhì)合成兩個(gè)層面上抑制細(xì)菌生長(zhǎng),明顯增強(qiáng)除菌效果。
3、支原體去除試劑選擇
選擇支原體去除試劑需要注意幾個(gè)關(guān)鍵幾點(diǎn):①細(xì)胞毒性小,毒性大的試劑在去除支原體的同時(shí),會(huì)殺死細(xì)胞;②支原體去除效果,選擇廣譜試劑,去除多種支原體,以及細(xì)菌,真菌等;③操作簡(jiǎn)便,沒有二次污染;要考慮操作使用是否方便,因?yàn)槿绻褂闷饋肀容^麻煩,首先是費(fèi)時(shí)費(fèi)力,另外可能會(huì)帶來二次污染。目前市場(chǎng)上有多種支原體去除&預(yù)防試劑可選。包括李記生物的Quick Cell支原體預(yù)防/去除試劑,美國(guó)GenDEPOT公司的Cellmaxin,羅氏公司的BM-Cyclin,Biolnd的BIOMYC-1,BIOMYC-2,BIOMYC-3,以及Invivogen 公司的Plasmocin™ prophylactic和Plasmocin™ treatment 等。
Quick Cell支原體預(yù)防及去除試劑和Cellmaxin都是從蛋白和DNA兩個(gè)層面去除支原體,抗菌譜廣。不同在于Quick Cell的使用者可以靈活選擇單獨(dú)或聯(lián)合使用兩種成分,分別或同時(shí)在蛋白或DNA層面去除支原體污染,細(xì)胞毒性更小。作用周期1-2周,支原體去除率大于92%。去除預(yù)防兼顧
BM-Cyclin包含泰妙菌素(BM-Cyclin 1)和二甲胺四環(huán)素(BM-Cyclin 2)兩種成分,抑制支原體及細(xì)菌生長(zhǎng),去除培養(yǎng)細(xì)胞中已感染的支原體。適用于多種培養(yǎng)細(xì)胞,無(wú)明顯副作用,又不影響細(xì)胞本身的代謝,而且處理過的細(xì)胞不會(huì)重新感染支原體。BM-Cyclin需聯(lián)合使用,作用周期2周,可消除80%以上的支原體。不確定能否預(yù)防。
BIOMYC-1基于抗生素泰妙菌素,由真菌pleurotus mutilus 產(chǎn)生。 BIOMYC-2基于二甲胺四環(huán)素,四環(huán)素衍生物。此兩種抗生素溶液通常按先后聯(lián)合使用2-3次循環(huán)約一周以上,可取得良好的效果。BIOMYC-3 基于抗生素環(huán)丙沙星,屬于氟喹酮類。許多支原體被證明對(duì)BIOMYC-3敏感,需要根據(jù)支原體種類使用。處理周期2周,能去除90%的支原體。是否可以預(yù)防支原體目前還不能確定。
Plasmocin™ prophylactic和Plasmocin™ treatment也是兩種抗生素的混合物,包含兩個(gè)針對(duì)支原體的有效成分,作用于蛋白質(zhì)合成和DNA復(fù)制階段,對(duì)許多細(xì)菌和真核細(xì)胞則沒有影響。作用周期2周,去除效率未知。有兩個(gè)濃度包裝,去除用高濃度,預(yù)防用低濃度。
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